Le caïman à lunettes évolue dans des écosystèmes très diversifiées : des fleurs, étangs et lagunes.
Il affectionne les eaux calmes à fond vaseux et riche en plantes flottantes.
Pour accueillir ses oeufs, il édifie un nid d'environ 40 cm de hauteur et d'au moins 1 m de diamètre.